Барри родился в семье еврейских иммигрантов из Российской империи, его отец, уроженец Кишинёваа, ослеп, когда его сын был ребёнком. Барри получил степень бакалавра зоологии в Колумбийском университете в 1937 г., а также степени магистра и доктора в Гарвардском университете в 1938 и 1941 гг. соответственно. Во время Второй мировой войны служил на флоте в звании лейтенанта. После войны переехал в Сент-Луис, Миссури, где в течение 34 лет преподавал физиологию растений в Университете Вашингтона (с 1947 г. - в звании профессора).

В конце пятидесятых Коммонер приобрёл известность как противник ядерных испытаний. Он написал несколько книг об опасности подобных испытаний для экосистемы Земли. Его работы по изучению радиоактивных осадков в результате испытаний ядерного оружия способствовала заключению Договора о запрещении ядерных испытаний 1963 года. В 1970 г. он получил премию Международного гуманистического и этического союза.

Экологическое наследие Коммонера включает четыре закона экологии, сформулированных в виде афоризмов:
- Всё связано со всем - в законе отражён экологический принцип холизма (целостности), он основан на законе больших чисел.
- Всё должно куда-то деваться - закон говорит о необходимости замкнутого круговорота веществ и обеспечения стабильного существования биосферы.
- Природа знает лучше - закон имеет двойной смысл: одновременно призыв сблизиться с природой и призыв осторожно обращаться с природными системами.
- Ничто не даётся даром - закон говорит о том, что каждое новое достижение неизбежно сопровождается утратой чего-то прежнего.

В 1980 г. Коммонер баллотировался в президенты США от Гражданской партии и набрал 0,27 % голосов. После этого он переехал в Нью-Йорк, где занял должность руководителя Цента биологии природных систем при Квинс-коледже. В 2014 г. Центр был переименован в Центр здоровья и окружающей среды им. Барри Коммонера.

Имя Барри - от гэльского слова barr - "голова". Фамилия Коменар (Коммонер  - американизированный вариант) происходит от украинского слова каменяр - "каменщик".

Вне Нью-Йорка

Звезда на Аллее славы Сент-Луиса.