Джеймс был внуком Джозефа Маркуса (1863-1927), еврея-иммигранта из Германии, основателя Банка Соединённых Штатов. Джеймс окончил Гарвард в 1951 г. и получил степень магистра управления в Школе бизнеса Гарвардского университета в 1953 г. В 1956 г. он начал работать в инвестиционном банке Голдман-Сакс и был там генеральным партнёром в 1964-82 гг. В 1973 г. Маркус стал членом Совета директоров Метрополитен-Оперы, затем в 1986-93 гг. был председателем этого Совета, а в 1997 г. был избран его почётным председателем. В 2010 г. он пожертвовал 10 млн. долларов Школе Джульярд на создание Института вокального искусства им. Эллен и Джеймса Маркуса. Он состоял попечителем множества организаций, включая Линкольн-Центр, Манхэттенский театральный клуб, больницу Ленокс-Хилл, нью-йоркскую социальную службу Calamus Foundation, Нью-Йоркский медицинский центр для животных и др.
 

Имя Джеймс - английская форма библейского имени Иаков. Имя Стюарт - от английского слова steward, происходящего от староанглийских слов stig - "дом" - weard - "охрана". Фамилия Маркус - от немецкого имени, которое происходит от имени римского бога войны Марса (использовалось евреями как замена еврейского имени Мордехай).