Отец Ионатана Нетаньяху был сподвижником Зеева Жаботинского. Младший брат Ионатана, Биньямин Нетаньяху, - премьер-министр Израиля в 1996-99 гг. и с 2009 г. После окончания средней школы в США Ионатан вернулся в Израиль, был призван в армию, служил в парашютно-десантных войсках. Участвовал в Шестидневной войне (1967), был ранен.

В 1968-71 гг. Нетаньяху учился в Гарвардском университете и Еврейском университете в Иерусалиме. В 1972 году вернулся в армию, служил офицером в подразделении особого назначения при Генеральном штабе ЦАХАЛ (Армии обороны Израиля). Участвовал в действиях израильских коммандос, в том числе в операции "Весна молодости" (апрель 1973 г.) в Бейруте, в ходе которой был уничтожен ряд лидеров палестинских террористов.

Во время Войны Судного дня Нетаньяху командовал отрядом особого назначения на Северном фронте. В апреле 1974 г. - мае 1975 г. был командиром танкового батальона, затем был назначен командиром подразделения особого назначения при Генеральном штабе АОИ.

Ионатан Нетаньяху командовал операцией "Энтеббе" - освобождением заложников, захваченных палестинскими террористами, и получил выстрел в спину, когда эта героическая операция была практически завершена. Впоследствии эта операция была переименована в честь подполковника Нетаньяху в "Йонатан". В 1980 г. была опубликована книга Нетаньяху "Письма Йони".

Ионатан - библейское имя, означающее "Яхве дал". Фамилия Нетаньяху - от библейского имени, означающего... то же самое - "Яхве дал".

Вне Нью-Йорка

- В Филадельфии на Пятой улице был в 1986г. открыт Мемориал И. Нетаньяху, созданный скульптором Бьюки Шворц.

- В честь И. Нетаньяху назван Международный институт по проблемам террора "Институт Йонатан" в Израиле.