Арнольд Пфеффер окончил нью-йоркский Сити-колледж в 1936 г. и Медицинскую школу Университета Дьюка в Северной Каролине в 1941 г., затем получил степень магистра биологии в Мэрилендском университете. Ординатуру и резидентуру по психиатрии и неврологии проходил в нью-йоркской больнице Бельвью, курс психоанализа - в Нью-Йоркском психоаналитическом институте.

Д-р Пфеффер жил в Верхнем Ист-Сайде, здесь же была его практика. В течение многих лет он считался ведущим специалистом по лечению алкоголизма и наркозависимости. Он занимался групповой терапией, опубликовал много статей и книгу по этой тематике, сотрудничал с несколькими клиниками и институтами, был директором отделения алкоголизма больницы Бельвью.

В своей научной деятельности д-р Пфеффер стремился соединить данные современной нейробиологии с традиционными психоаналитическими концепциями. В 1990-х годах он сформировал научную группу по междисциплинарным нейро-психоаналитическим исследованиям, которая занималась "наведением мостов" между психоанализом и нейропсихиатрией. Позже эта группа превратилась в институт его имени, ставший центром Международного нейро-психоаналитического общества, издающего свой журнал и проводящего ежегодные конференции. В течение нескольких лет А. Пфеффер был президентом Нью-Йоркского психоаналитического общества.

Имя Арнольд - от германских элементов arn - "орёл" и wald - "сила". Имя Зэкери (Захар) - библейского происхождения, от Zechariah - "помнящий Господа" на иврите. Фамилия Пфеффер в переводе с идиш и немецкого означает "перец".