Герберт Бер родился в семье евреев - иммигрантов из Германии. Окончил Школу архитектуры Колумбийского университета в 1900 г., получив степень бакалавра. В 1902-05 гг. учился в Школе изящных искусств в Париже. Его гравюры неоднократно выставлялись, в т.ч.в Парижском салоне. По возвращении в Нью-Йорк открыл собственную архитектурную практику на 45-й Западной улице. Член Архитектурной лиги Нью-Йорка с 1906 года, член Общества независимых художников с 1916 года. У Герберта и его жены, художницы Лилиан Хирш (1887 - 1965), было двое детей. Похоронен на еврейском кладбище Салем-Филдс в Бруклине.

Имя Герберт - германского происхождения, составлено из слов hari - "хозяин" и berht - "знаменитый". Латинское имя Марк происходит от имени бога войны Марса. Фамилия Бер - от средневерхненемецкого ber - "медведь".