Эрнест Борек переехал с семьей в Нью-Йорк в 1925 г., в 1933-м получил американское гражданство. Он окончил нью-йоркский Сити-колледж и получил докторскую степень по биохимии в Колумбийском университете. Борек работал на кафедре химии нью-йоркского Сити-колледжа с 1934 по 1969 год и был профессором кафедры биохимии Колумбийского университета с 1959 по 1969 год.

Исследования Борека в области онкологических заболеваний привели к его назначению на должность заведующего кафедрой молекулярной биологии в Центре онкологических исследований AMC. Он также занимал должность директора Регионального онкологического центра Колорадо и был председателем Комитета по поддержке онкологического центра Национального института рака, а в 1969 г. был назначение на должность профессора кафедры микробиологии в Центре медицинских наук Университета Колорадо.

В 1962 году совместно с Эрвином Флейсснером Борек показал, что метильные группы в РНК, играющие важную роль в различных биологических процессах кодирования, декодирования, регуляции и экспрессии генов, вводятся в РНК метилирующими ферментами на макромолекулярном уровне. Последующие исследования Борека привели к открытию ферментов. Унифицированная теория развития рака, предложенная Бореком и его коллегой из Колумбийского университета, доктором П. Р. Шринивасаном, связывает все классы известных канцерогенов единым механизмом действия, посредством которого нормальные клетки превращаются в злокачественные.

Борек был автором четырёх популярных книг для неспециалистов: "Человек, химическая машина" (1952), "Атомы внутри нас" (1961), "Код жизни" (1965) и "Скульптура жизни" (1973), в которых излагается история биохимии и молекулярной биологии. Кроме более чем 125 научных публикаций в научных журналах и множества рецензий, он публиковал эссе о проблемах оригинальных мыслителей в науке.

В 1965 г. Борек был награждён медалью Общества биохимиков Финляндии. В 1968 г. он также получил медаль Таунсенда Харриса для выдающихся выпускников Сити-колледжа и был удостоен почётной степени доктора медицины Университета Сегеда, Венгрия.

Имя Эрнест происходит от германского слова eornost - "серьёзный". Фамилия Борек имеет несколько вариантов происхождения.