Джонатан получил степень бакалавра по английскому и психологии в Тринити-колледже в Хартфорде, Коннектикут, в 1988 г., затем работал в компании по страхованию путешествий. В 1995 г. он получил степень магистра на педагогическом факультете Нью-Йоркского университета и начал работать учителем английского языка и литературы в старших классах средней школы им. Тафта в неблагополучном районе Южного Бронкса. 31 мая 1997 г. двое молодых негров, бывших учеников этой школы, узнав, кто его отец, напали на Джонатана, пытками заставили его назвать пароль для банкомата, сняли с его счёта 800 долларов, после чего вернулись и убили его выстрелом в голову. Убийца получил 25 лет, его сообщник благодаря вздорному формальному поводу избежал наказания.

Имя Джонатан - английская форма библейского имени Yehonatan, означающего "Яхве дал". Фамилия Левин произошла от названия колена Левия.