Фриц Натан изучал архитектуру в Техническом университете Дармштадта и Техническом университете Мюнхена в 1909-14 гг. После завершения учёбы работал на государственной службе, в 1915-18 гг. - солдат на Первой мировой войне. После окончания войны работал государственным строительным инспектором, затем переехал в Берлин, где участвовал в планировании мемориала павших еврейских солдат на кладбище в Берлине-Вайсензее. Другие проекты в Берлине включали переоборудование жилых домов, фабрик и магазинов. В 1922 г. Натан стал членом Ассоциации немецких архитекторов. В том же году он поселился во Франкфурте-на-Майне, где открылл собственный офис.

Натан был одним из самых известных еврейских архитекторов донацистской Германии. К его работам этого периода относятся: новое еврейское кладбище во Франкфурте-на-Майне (1929); крупный коммерческий комплекс - первый небоскрёб в Мангейме (1927; сигарная фабрика в Гейдельберге (1929); универмаг в Ханау (1929); еврейский дом престарелых в Мангейме (1931); универмаг "Лёвенталь" в Ашаффенбурге (1930); коммерческое здание Герц-Грюнштейн в Люксембурге (1933) и др.

В 1933 году, когда к власти пришли нацисты,  Натан продолжал работать в тяжёлых условиях. По его проекту было построено еврейское кладбище в Штутгарте-Бад-Каннштатте (1938). Он превратил еврейский дом престарелых в Мангейме в больницу (1936), построил в Оффенбахе еврейскую школу, потому что еврейским детям было запрещено посещать государственные школы (1937). В 1937 г. он отремонтировал синагогу в Констанце, подожжённую нацистскими головорезами.

В сентябре 1938 года Натан с женой и дочерью эмигрировал в Нидерланды, где они больше года ждали визу в США. Он и его семья не добрались до Нью-Йорка в феврале 1940 года, где жил не только его брат, экономист Отто Натан, эмигрировавший в 1933 году, но и его родители, бежавшие из Германии в 1939 году.

Натан стал востребованным архитектором еврейских общин в США. Прорыв в его новой  карьере произошёл в штате Нью-Йорк - с синагогой "Сыны Исраэля" в Вудмере (1950) и еврейским общинным центром в Уайт-Плейнс (1957). В 1951 г. он был назначен в консультативный совет Союза американских еврейских конгрегаций. Также Натан успешно работал в торговом и промышленном строительстве. Его двумя наиболее зрелыми работами на американской земле являются синагога "Мишкан Исраэль" в Хэмдене, Коннектикут (1960) и общинный центр "Дочери Иакова" в Вудбридже, Нью-Джерси, который был завершён уже после его смерти - он умер от рака на пике своей второй карьеры.
 

Имя Фридрих (Фриц - уменьшительное) - происходит от германских элементов fridu - "мир" и rîhhi  - "могучий, богатый". Фамилия Нэтан - от библейского имени Натан, что значит "он дал".