Родители Генри Фрауэнталя иммигрировали в Америку из Германии в 1849 г. Его отец владел обувным магазином. В 1886 г. Генри получил степень бакалавра аналитической химии в Университете Лехай в Бетлехеме, Пенсильвания. Продолжил образование в медицинском колледже при больнице Бельвью в Нью-Йорке, окончив его в 1890 г. Следующие 11 лет он проработал ассистентом выдающегося хирурга-ортопеда Льюиса А. Сэйра, затем открыл частную практику.

Доктор Фрауэнталь специализировался на лечении хронических болезней суставов. В 1905 г. он открыл, с финансовой помощью брата, Германа Фрауэнталя, Еврейскую больницу деформаций и болезней суставов (ныне New York Hospital for Joint Diseases). Консультантом и "приёмным отцом" новой клиники стал известный педиатр д-р Эйбрахам Джакоби. Первоначально больница находилась в Гарлеме и располагала всего семью койками. Новые методы лечения, разработанные Фрауэнталем, оказались весьма эффективными. В 1914 г. вышла его книга "Справочник по детскому параличу". Больница, дело всей его жизни, процветала.

В 1912 г. Фрауэнталь и его жена, через 2 недели после свадьбы, состоявшейся в Ницце, были спасены с тонущего "Титаника" (вместе с ними был спасён его брат Айзек). В конце жизни доктор страдал умственным расстройством; в возрасте 64 лет он выбросился с седьмого этажа своей больницы. Согласно завещанию, он был кремирован, а пепел развеян с крыши больницы в 1955 г. - в день, когда больнице исполнилось 50 лет.

Имя Генри - английская форма германского имени Heimirich (позже Heinirich), состоящего из элементов heim - "дом" и ric - "власть". Имя Уильям - английская форма германского имени Willahelm, состоящего из элементов wil - "желание" и helm - "шлем, защита". Фамилия Фрауэнталь - топонимическая, от одного из германских населённых пунктов с тем же названием.