Один из 13 детей бедного еврейского сапожника, Нэтан иммигрировал в Соединённые Штаты в 1912 г. Он устроился на работу курьером, а затем получил место нарезчика булочек в ресторане Feltman's German Gardens на Кони-Айленде. В ресторане продавались хот-доги по 10 центов за штуку. В 1916 г. Хэндверкер и его вторая жена Айда открыли небольшой киоск с хот-догами на углу проспектов Серф и Стиллвелл на Кони-Айленде, в нескольких кварталах от ресторана "Фелтманз". Они приправляли свои хот-доги секретным рецептом Иды и продавали их по 5 центов.

Чтобы начать бизнес, Хэндверкеры потратили свои сбережения в размере 300 долларов. Согласно легенде, чтобы быстрее накопить эти деньги, Нэтан питался исключительно хот-догами, которые он мог есть на работе бесплатно. Хэндверкеры назвал свой ранее безымянный киоск  Nathan's Hot Dogs в 1921 г. в честь Софи Такер, тогдашней певицы, выступавшей в соседнем кафе Carey Walsh's и сделавшей хитом песню "Nathan, Nathan, Why You Waiting?".

Со временем их киоск стал культовым и превратился в знаменитые рестораны Nathan's и связанную с ними линейку розничной продукции Nathan's. По состоянию на 2016 год Nathan's управляет более чем 400 ресторанами, принадлежащими компании и работающими по франшизе, во всех 50 штатах и ​​17 зарубежных странах. Их продукцию можно найти примерно в 45 000 магазинах по всей территории Соединённых Штатов.

23 марта 1974 года Нэтан Хэндверкер перенёс сердечный приступ в своем доме в Норт-Порт-Шарлотт, штат Флорида, и на следующий день умер, Похоронен на кладбище Маунт-Лебанон в Глендейле, Квинс . В 2014 г. вышел полнометражный документальный фильм "Знаменитый Нэтан" , созданный внуком Нэтана Ллойдом Хэндверкером и рассказывающий историю семьи.

Имя Нэтан - английская форма библейского имени Натан, что значит "он дал". Фамилия Хэндверкер проиаходит от слова Handwerker - "ремесленник" по-немецки.