Джин родился в семье евреев - иммигрантов из Российской Польши. Во время Второй мировой войны он служил в армии  в сфере развлечений и в составе авиационного экипажа. Франкель начинал как актёр и был одним из первых членов Актёрской студии. Позже он перешёл за кулисы и стал театральным режиссёром, работавшим на Бродвее и за его пределами.

Спектакль Франкеля  "Чёрные" по пьесе Жана Жене сыграл важную роль в ​​продвижении афроамериканского театра во время движения за гражданские права. Спектакль открылся в 1961 г. в Театре Св. Марка и выдержал более 1400 представлений, став самой продолжительной внебродвейской немузыкальной постановкой десятилетия.

Самой известной бродвейской постановкой Франкеля была пьеса Артура Копита "Индейцы", которая была номинирована на премию Тони как лучший спектакль 1970 года. Его другие бродвейские постановки включают "Крик игроков" (1968), "Затерянные в звёздах" Курта Вайля (1972) и "Ночь, которая сделала Америку знаменитой" Гарри Чeпина (1975). Его внебродвейские постановки включают "Брехт по Брехту", "Я женщина" и "Быть ​​молодым, одарённым и чёрным".

Помимо постановки более 200 спектаклей и управления по крайней мере двенадцатью театрами на протяжении всей своей карьеры, Франкель преподавал актёрское мастерство, написание сценариев и режиссуру. Он был приглашённым профессором театральных факультетов в Колумбийском университете, Бостон-колледже, Нью-Йоркском университете и др.

4 августа 1973 года его Mercer Arts Center, комплекс из семи небольших театров, который располагался на первых двух этажах отеля Broadway Central, обрушился. Франкель, который в то время проводил репетицию, первым заметил, что потолок и стены начали прогибаться, и сумел вывести многих людей в безопасное место, но 5 человек всё же погибли. Его последней сценой - и единственной, имевшей финансовый успех - была Театральная и киномастерская Джина Франкеля на Бонд-стрит в Гринич-Виллидж.

У Франкеля было двое детей, Лора и Итан. Итан Франкель, начинающий актёр, страдал психическим заболеванием, которое заставило его спрыгнуть с крыши 17-этажного здания на Манхэттене в 1995 г. После длительной комы и последующей терапии Итана поместили в реабилитационный центр в Бронксе, где он был убит соседом в следующем году. Франкель создал в своем театре стипендию имени своего сына.

Джин Франкель умер от сердечной недостаточности.

Имя Юджин - английская форма древнегреческого имени Eugenes, состоящего из элементов eu - "хорошо" и genes - "рождён". Имя Виктор означает "победитель: на латыни. Фамилия Франкель образована от имени Франкл - уменьшительного от имени Франк, которое происходит от названия германского племени франков.