Миллер получил степень бакалавра в 1943 г. в Гарварде, степень доктора - в 1952-м в Университете Джонса Хопкинса. В годы войны Миллер работал в отделе налоговых исследований Министерства финансов (1944-47), затем в исследовательском отделе Федеральной резервной системы (1947-49). Преподавал в Лондонской школе экономики (1952) и Университете Карнеги Меллона. Среди его коллег по университету были Г. Саймон (Нобелевская премия 1978 г.) и Ф. Модильяни (Нобелевская премия 1985 г.) С 1961 г. Миллер - профессор банковского дела и финансов Высшей школы бизнеса Чикагского университета. В начале 80-х годов он избирается общественным директором Торгового совета Чикаго, а затем занимает аналогичный пост на Чикагской товарной бирже. В 1990 году Миллер был удостоен (совместно с Г. Марковицем и У. Шарпом) Нобелевской премии по экономике "за пионерскую работу в теории финансовой экономики".
 

Имя Мертон означает "город на озере" на древнеанглийском. Хауард (Говард) - английское имя с несколькими вариантами происхождения. Фамилия Миллер произошла от идишского слова мильнер, которое означает "мельник".