Отец Чарльза был привезен в Америку в 1884 г. из г. Картуз-Береза Гродненской губернии (ныне Бяроза, Беларусь). На пике своей карьеры он занимал пост генерального директора компании Rieke Shirt, известной в своё время фирмы по производству одежды. Мать Чарльза прибыла в Америку в 1885 г. из г. Вилкомир Ковенской гуернии. (ныне Укмерге, Литва).

Чарльз Янофски был одним из первых выпускников школы Бронкс-Сайенс, затем учился в в нью-йоркском Сити-колледже. Его образование было прервано военной службой во время Второй мировой войны, включая участие в Арденнской битве. Закончив колледж в 1948 году со степенью бакалавра биологии, он позже получил степени магистра и доктора философии в Йельском университете. Его докторская диссертация "Исследование метаболизма триптофана-ниацина в Neurospora" была посвящена изучению биосинтеза аминокислот в грибах.

С 1954 года Янофски преподавал в Медицинской школе "Кейс Вестерн Резерв". В 1958-м он перешёл в Стэнфордский университет на должность доцента, а позже профессора молекулярной биологии. Его исследования внесли важный вклад в разработку гипотезы "один ген - один фермент" и открыли аттенуацию - механизм рибопереключателя, при котором матричная РНК меняет свою форму в ответ на небольшую молекулу и, таким образом, изменяет свою способность связываться с регуляторной областью гена или оперона.

Д-р Янофски получил премию им. Альберта Ласкера, которую иногда называют американской Нобелевской премией, в 1971 году. Он был удостоен премии им. Зельмана Ваксмана в области микробиологии от Национальной академии наук в 1972 году и стал лауреатом премии им. Луизы Гросс Хорвиц от Колумбийского университета в 1976-м. Д-р Янофски был избран иностранным членом Королевского общества в 1985 году и получил Национальную медаль науки в 2003 году.

Имя Чарльз - английская форма германского имени Карл, происходящего от слова Karlaz со значением "свободный человек". Фамилия Яновский - это древняя топонимическая фамилия, которая происходит от названий населённых пунктов с основой "Янов" в Польше, Украине и Беларуси.