Уильям-младший вырос в Манхэттене, окончил частную школу Лоренсвиль-Скул в Нью-Джерси в 1948 г. Проучившись два года в Аризонском университете, он вступил в армию США, служил офицером разведки во время Корейской войны. Демобилизовавшись в 1953 г., начала работать в девелоперской фирме Webb and Knapp, принадлежавшей его отцу. Вместе с отцом участвовал в таких грандиозных проектах, как Century City в Лос-Анджелесе, Place Ville-Marie в Монреале и L’Enfant Plaza в Вашингтоне.

После банкротства Webb and Knapp в 1965 г. Уильям-младший возродил её под названием General Property Corporation. В 1972 г. он основал Zeckendorf Development Company и был её президентом до выхода в отставку в 1992 г. В 1970-х эта компания в основном занималась покупкой, реновацией и перепродажей нью-йоркских отелей. К  1980-м годам она стала одним из самых выдающихся строителей и владельцев шикарных отелей, офисных башен и дорогих кондоминиумов в Нью-Йорке. Среди последних - 36-этажный The Columbia  (1983),  34-этажный Park Belvedere (1985), 56-этажный Central Park Place (1988) и 25-этажный Central Park Place (1990) в Верхнем Вест-Сайде.

Другие крупные проекты Зекендорфа-мл. - Башни Зекендорфа (1987), комплекс Worldwide Plaza на Восьмой авеню (1989), Crowne Plaza Hotel на Таймс-сквер (1989), отель Four Seasons в Мидтауне (1993), кондоминиум Citylights в Лонг-Айленд-Сити (1997). Он также принимал участие в возведении комплекса Ronald Reagan Building and International Trade Center в Вашингтоне (1998).

В 1984-92 гг. Зекендорф-мл. занимал пост председателя Попечительского совета Лонг-Айлендского университета. Последние 15 лет жизни он провёл в городе Санта-Фе, Нью-Мексико. До этого он внёс крупный вклад в развитие этого города, построив там шикарные гостиницы Eldorado Hotel и Hotel Santa Fe, а также жилые комплексы  Los Miradores и Sierra del Norte. В Санта-Фе Зекендорф был членом правления местной больницы и колледжа, а также членом исполнительного комитета Общества камерной музыки Санта-Фе.

Сыновья Зекендорфа-мл., Уильям Ли Зекендорф и Артур Уильям Зекендорф, также стали крупными нью-йоркскими девелоперами. Принадлежащая им недвижимость включает сверхдорогие кондоминиумы 15 Central Park West, 50 United Nations Plaza и 520 Park Avenue.

Имя Уильям - английская форма германского имени Willahelm, состоящего из элементов wil - "желание" и helm - "шлем, защита". Фамилия Зекендорф - топонимическая, от названия деревни Цеккендорф близ Бамберга, Бавария.